До складу КНУБА входять такі наукові підрозділи :
- Науково-дослідна частина (НДЧ)
- Науково-технічна Рада (НТР)
- Молодіжна наукова Рада КНУБА
- Науково-дослідний інститут будівельної механіки
- Науково-дослідний інститут в’яжучих речовин і матеріалів
- Науково-дослідний інститут будівельно-дорожньої і інженерної техніки
- Науково-дослідний інститут теорії та історії архітектури, містобудування і дизайну
- Науково-дослідний інститут економічних та управлінських проблем безпеки дорожнього руху
- Науково-дослідний інститут проблем архітектурно-будівельної екології
- Науково-дослідний інститут енергоефективних систем і технологій в архітектурі та будівництві до складу якого входять:
- Науково-дослідна лабораторія з досліджень проблем енергоефективності в будівництві та архітектурі « Енергоцентр-КНУБА »
- Науково-дослідна лабораторія енергоефективної, біонічної та екологічної архітектури
- Науково-дослідна лабораторія інженерних систем життєзабезпечення
- Випробувальний центр будівельних конструкцій
- Науково-дослідна лабораторія діагностики агрегатів, конструкцій і споруд
- Науково-дослідна лабораторія чисельних методів в геотехніці
- Науково-дослідна лабораторія основ і фундаментів промислових будівель
- Науково-дослідна лабораторія основ і фундаментів в складних інженерно-геологічних умовах
- Науково-дослідна лабораторія проблем транспортного будівництва
- Науково-дослідна лабораторія проблем будівництва та архітектури агропромислового комплексу
- Лабораторія з досліджень регіонального розвитку, соціальних та політичних проблем будівельного комплексу
- Лабораторія «Науково-дослідний центр інформаційних технологій»
- Науково-освітній центр проектування та дослідження будівель з близьким до нульового енергоспоживання
- Інжиніринговий центр з інвестиційно-інноваційної та будівельної діяльності
- Наукова бібліотека